Este programa, el cual incorpora capacitadores indígenas, tiene como objetivo que los administradores de justicia de cada uno de los sistemas conozcan los dos sistemas de justicia.
Así mismo, realizar los estudios y consultas que servirán de base para la coordinación entre los sistemas jurídicos indígenas y el Sistema Judicial Nacional y el establecimiento de un marco de regulación adecuado al efecto.
Se espera contribuir al mejoramiento de la calidad de los servicios de justicia en los territorios indígenas y en las zonas aledañas a éstos y al incremento de la seguridad jurídica del sistema.
En Colombia, como en otros países de América Latina, buena parte de la regulación de los conflictos en las comunidades indígenas no se hace a través de la Ley Nacional. Son los valores, las costumbres, las concepciones de la justicia imperantes en cada etnia concreta las que fundamentan la mediación, la transacción, la conciliación, los fallos en equidad e, incluso, las soluciones de fuerza intracomunales. Fueron estos aspectos, entre otros, los que llevaron a proponer la creación la Jurisdicción Especial Indígena, consagrada en el artículo 246 de la Constitución de Colombia.
Las comunidades y/o movimientos indígenas esperan y reclaman que estas transformaciones constitucionales sean, en verdad, un paso decisivo en la creación de nuevos espacios que permitan y garanticen el pleno derecho a la diferencia cultural. Uno de estos espacios importantes a construir es el referido a la relación entre la Ley Nacional y sus aparatos de justicia y las formas de gobierno y aplicación de la 'costumbre jurídica' o prácticas de derecho étnicos.
La Ley 270 de 1996, Estatutaria de la Administración de Justicia, ubica en el Título II, artículo 11, a la Jurisdicción de las Comunidades Indígenas dentro de la estructura general de la Administración de Justicia del país, razón por la cual órganos de servicio y Administración de la Justicia deben concretar y definir sus acciones frente a esta jurisdicción especial para que el mandato constitucional señalado pueda aplicarse con el apoyo y asistencia del Estado.
Uno de los ámbitos de acción en dicho apoyo se representa en la preparación y formación especial que sobre el tema deba darse tanto a quienes son operadores de la justicia ordinaria como a las mismas autoridades que aplican justicia en el seno de dichas comunidades indígenas de conformidad con sus propias normas y costumbres ancestrales, a fin de clarificar a la luz de la jurisdicción existente, los límites de aplicación.
El Consejo Superior de la Judicatura, como órgano de gobierno de la Rama Judicial, tiene el deber de integrar las distintas jurisdicciones y con tal fin, ha impulsado, en coordinación con las distintas organizaciones indígenas, un proyecto de cooperación con el BID el cual tiene, entre otros objetivos, la construcción de un Módulo de Capacitación Intercultural que incorpore capacitadores indígenas, a fin de que los administradores de justicia de cada uno de los sistemas conozcan y comprendan las normas sustantivas y de procedimiento del otro.